ImageJ

sys_analyse_2016

L’analyseur d’images ImageJ est constitué d’un ordinateur HP Deskpro, d’un numériseur EPSON Perfection V550 et du logiciel ImageJ.

Spécifiquement, le logiciel ImageJ est un gratuiciel (freeware) qui répond à la plupart des exigences en analyse d’images et est programmable en Java sous forme de macro afin d’automatiser une série de tâches. Il peut analyser différents types d’échantillons en noir et blanc comme les autoradiogrammes, les photos, les gels, les membranes, etcDe concert avec le logiciel « Adobe Photoshop« , il est possible d’obtenir, de modifier et de convertir plusieurs types d’images que l’on pourra ensuite imprimer ou sauvegarder dans n’importe quel format.

Grâce au logiciel ImageJ, il est possible d’obtenir l’impression d’une image comportant des nuances de gris pour faire disparaître le bruit de fond, rehausser l’aspect des éléments faibles et diminuer l’aspect des éléments forts.

Procédure d’analyse et résultats

Quantitativement, il faut tracer manuellement une surface autour des éléments que l’on désire analyser. Suite aux calculs faits par le logiciel, on obtiendra alors plusieurs types de résultats comme la surface (en pixels), la Densité Optique Moyenne (DOM) ou Densité Optique Totale (DOT). Le tout sera remis avec un rapport écrit et un fichier Excel envoyé par courriel.

Généralement, c’est la Densité Optique Totale avec soustraction du bruit de fond (DOT nette) qui est préconisée comme type de résultat d’analyse. Voici un exemple :nih
Nous avons ici l’image numérisée d’un TLC qui a été imprimée sur papier. Le nom de l’image est EINA123 et le nom du rapport Excel est EINA54.XLS, ils sont inscrits sur une étiquette collée selon l’orientation de l’analyse.

La quantification se fait en traçant un carré autour des éléments (en rouge dans notre exemple). L’ordre des tracés se fait de 1 vers 8 puis de 9 vers 16. L’image est traitée de sorte que l’on élimine le bruit de fond dès le départ, soit avant l’analyse. Il est important de prendre la totalité de l’élément et un peu autour. On peut également employer des cercles ou des polygones pour entourer les éléments.

Par la suite, le logiciel ImageJ va interpréter l’intérieur des tracés (carrés rouges dans notre exemple) et calculer la Densité Optique Totale (DOT), la surface en pixels et la Densité Optique Moyenne (DOM) pour chaque élément.

L’affichage des résultats dans Excel se fera généralement selon la disposition des éléments sur l’échantillon. Selon notre exemple, nous avons 8 colonnes par 2 lignes constituant un bloc de donnée (ici 1 encerclé en bleu). Par contre, si les résultats apparaissent en lignes il faut alors se référer aux numéros (ici 1 à 16) qui identifient chaque élément. Voici, pour notre exemple, les résultats en densité optique totale avec soustraction du bruit de fond (DOT nette) obtenu dans Excel :

ImageJRes